En un área muy alejada de Johto la región es un lugar con aguas cristalinas provenientes de montañas, las cuales son prohibidas y guardan un secreto. Mewtwo y su compañero Pokémon finalmente han encontrado un hogar en donde pueden vivir y prosperar lejos de los humanos. Y como anteriormente Mewtwo borro la memoria de todos exepto la de su enemigo Giovanni; la fuerza malavada detras de la creacion de Mewtwo. Ahora el lider del Equipo Rocket a descubierto la ubiacación de Mewtwo. Y como la suerte lo tendria, se presenta Ash, Pikachu y sus amigos. Pronto Giovanni consigue atrapar a Mewtwo y lo somete a su autoridad. Asi que Ash lo ayuda, pero ahora su hogar esta en juego.